In occasione del Concilio di Trento, Pio V decise la costruzione della Basilica di Santa Maria degli Angeli, che venne ultimata tra il 1569 e il 1679. Essa inglobava le strutture del convento francescano, eretto a ridosso della Porziuncola, al fine di riconoscere l’importanza dell’ordine minorita dei francescani e di accogliere i pellegrini che tuttora vi affluiscono in occasione dell’Indulgenza del Perdono (31 luglio-2 agosto), voluta originariamente da San Francesco.
La chiesa, progettata da Galeazzo Alessi e realizzata da Giacomo Martelli, Giacomo Giorgetti e forse anche il Vignola, è a tre navate e su di essa venne costruito, nella parte destra, un campanile. Tuttavia, la Basilica subì gravi danni durante il terremoto del 1832, ed è per questo che Luigi Poletti la ricostruì, nelle stesse forme, tra il 1836 e il 1840. La facciata, invece, venne alzata nel 1925-30; sulla sommità fu collocata una statua della "Madonna degli Angeli", realizzata dallo scultore Colasanti. L’attuale sistemazione del piazzale antistante è dovuta al progetto dell’architetto Nicolosi del 1950.
L’interno della Basilica è caratterizzato dalle cappelle laterali, decorate con un’organica raccolta di pittura umbra del tardo Cinquecento e del primo Seicento.
Di particolare interesse sono la Cappella della Porziuncola, costruita nel X-XI secolo e dedicata a Santa Maria degli Angeli o a Santa Maria della Porziuncola, e la Cappella del Transito, dove San Francesco morì il 3 ottobre 1226. La prima è decorata da un affresco di Friedrich Overbeck da Lubecca, che raffigura “San Francesco implora da Gesù e Maria la concessione dell’Indulgenza del Perdono”, mentre la seconda è ornata da affreschi di Domenico Bruschi e dello Spagna. All’interno della Cappella del Transito si trova anche una statua in terracotta smaltata di Andrea della Robbia.
Dalla sagrestia si può raggiungere il Roseto, piccolo giardino piantato esclusivamente a rosai senza spine. Accanto a esso è situata la Cappella del Roseto (1518), composta da tre ambienti ornati da affreschi di Tiberio d’Assisi, autore anche degli affreschi parietali dell’Oratorio di San Bonaventura (1506).
Infine, lungo il tragitto d’uscita si può vedere il chiostro quattrocentesco e ciò che resta del conventino dell’epoca di San Bernardino di Siena (sec. XV).