S. Clemente può essere definita una meravigliosa “torta nuziale” a più strati. Si compone della basilica superiore, del XII secolo, quella inferiore del IV secolo e da ambienti sotterranei, un tempio dedicato al Dio Mitra e una domus romana del I secolo.
La basilica originaria nasce nel cortile di un’abitazione del II secolo in cui fu ricavato nel secolo successivo un mitreo, poco dopo trasformato in un luogo di culto cristiano che fu sede di vari concili nel V secolo. La basilica fu restaurata nell’VIII secolo e ancora nel IX, distrutta dall’incendio del 1084 appiccato dai normanni e poi interrata. Papa Pasquale II, nel 1108, fece costruire così una nuova chiesa. La facciata che vediamo oggi, preceduta da un piccolo protiro in mattoni e un atrio quadriportico su colonne antiche, è frutto dell’intervento settecentesco di Carlo Stefano Fontana. Sebbene modificata nel ‘700, la basilica superiore conserva l’impianto degli inizi del XII secolo, a tre navate absidate su colonne di recupero e un bellissimo pavimento cosmatesco. Dello stesso periodo sono la schola cantorum, ovvero lo spazio riservato ai cantori o salmisti che sta nel mezzo della navata centrale, circondata da un recinto marmoreo, il ciborio cosmatesco del presbiterio e la cattedra episcopale dell’abside. Sorprendente è il “Trionfo della Croce”, mosaico di scuola romana della prima metà del XII secolo che occupa il catino absidale e rappresenta la Crocifissione fra i girali di acanto dell’albero della vita. All’inizio della navata sinistra, invece, la cappella di S. Caterina reca pregevoli affreschi di Masolino da Panicale, probabilmente in collaborazione con Masaccio. Dalla sagrestia, una scala con resti di decori della chiesa del IV secolo e del mitreo porta alla basilica inferiore. Notevole qui, l’affresco della navata centrale che raffigura la “Leggenda di Sisinnio”. Alle pareti della stessa navata vi sono altri affreschi dell’XI e XII secolo, tra cui la “Leggenda di S. Alessio”. In fondo alla navata sinistra si scende agli ambienti sotterranei, tra cui il mitreo del III secolo dedicato al Dio Mitra, con un altare scolpito.