In Palazzo Schifanoia, sede del museo dal 1898, sono conservate numerose collezioni che documentano la storia di Ferrara. La sua origine risale alla fine del XVIII secolo, quando furono istituiti il Museo Pubblico, la Biblioteca e l’Accademia del Disegno. Ad oggi, le raccolte sono esposte in parte o a rotazione nelle sale del Quattrocento e nell’ala trecentesca di Palazzo Schifanoia. La prima sezione museale, la raccolta lapidaria, fu costituita nel 1735 presso Palazzo Paradiso ma fu l’acquisto, avvenuto nel 1758, del fondo numismatico Bellini che sancì la formazione del museo. Di particolare pregio è il Medagliere, tra i più importanti della regione, che conta più di 22.000 pezzi; oltre al nucleo di monete italiane, medioevali e moderne, comprende anche le sezioni greca, romana, punica, una raccolta di conii e punzoni della zecca di Ferrara e medaglie eseguite da artisti rinascimentali di fama come Pisanello, Matteo dè Pasti e Sperandio da Mantova. Le raccolte archeologiche, arricchitesi nel corso del Settecento, furono costituite da ceramiche greche, etrusche e romane, vetri, lucerne e bronzetti, più una collezione egizia acquisita nel XIX secolo. Inoltre, il cardinal Riminaldi donò al museo il gruppo delle gemme incise e il nucleo principale della collezione dei bronzi, contenente sculture di Giambologna e dell’Algardi. Di grande interesse sono la Bibbia commissionata da Borso d’Este per il monastero di San Cristoforo, miniata da Guglielmo Giraldi, l’incunabolo Decretum Gratiani miniato da maestranze del tempo di Ercole I e le placchette eburnee con scene cortesi. Nel 1935 fu acquisita la collezione Pasetti delle ceramiche graffite, mentre nel secondo dopoguerra, successivamente alla soppressione delle Opere Pie, giunsero al museo un considerevole numero di arredi sacri e dipinti ferraresi del XVI - XVII secolo, tra cui opere di Bononi, Zola e Scarsellino. Infine, nell’ala trecentesca del palazzo sono esposti straordinari pezzi quali la Madonna con Bambino, terracotta policroma di Domenico di Paris il polittico in alabastro dello scultore di Nottingham, e una parte del coro ligneo di Sant’Andrea, intarsiato nel XV secolo dalla bottega dei Lendinara.